Ebubekir Efendi Tokatlıdır. Tahsilden sonra Fetva Emini oldu. Sonra Edirne payesi ve huzurı hümayun mukarriri oldu. Sonra Mekke payesi olup 1177 Şabanında (Şubat 1764) İstanbul kadısı oldu ve 1178 Cemaziyelahirinde (Aralık 1764) azlolunarak yerine Yusufzade Efendi tayin edildi. 1179 Rebiyülahirinde (Eylül 1765) vefat etti. Kabri Eyüpsultan’da Nişanca’da Şeyh Murad Efendi Tekkesi haziresindedir. Şahidesi vardır.

Fâzıl ve kâmil bir zat olan Ebubekir Efendi’nin Ahmed Efendi adındaki oğlu İzmir mollası olup 15 Ramazan 1255’de (1 Nisan 1839), onun oğlu müderrisînden Ebubekir Bey 25 Rebiyülahir 1230’da (6 Nisan 1815) vefat ettiler. Ebubekir Bey, Melek Paşa torununun oğludur. Kabri Gülhane Parkı karşısında, Zeynep Sultan Camii haziresindedir.