Seyyid Bilâl evlâdından Ladik’te medfun Seyyid Ahmed ahfadından Silâhdar Seyyid Abdullah Ağa’nın kardeşi Merzifonî es- Seyyid Mehmed Ağa’nın oğludur. Enderuna girmiş ve buradan yetişerek hazinei hümayunda başkullukçu ve 1233’de (1817/18) Ömer Ağa’nın vefatında başçuhadar oldu.

1243 Şevvalinde (Nisan 1828) bu görevden azl ile bilâhizmet mabeyni hümayunda tutuldu. 1244 Rebiyülevvelinde (Eylül 1828) kahvecibaşı, 21 Receb 1245’de (6 Ocak 1830) hazinei hümayun kethüdası olup 1247’de (1831) silâhdarlık makamının ilgasında enderun nazırı oldu. 22 Ramazan 1251’de (11 Ocak 1836) vefat etti. Kendisi âlim, akıllı ve sadık bir zat idi.

Oğlu, Erkânı Harp Kaymakamı Süheyl Bey 1293 Muharreminde (Şubat 1876) fücceten vefat etti. İkisinin de kabri Eyüp’te Bostan İskelesi Sokağı üzerinde Mihrişah Valide Sultan İmareti karşısındaki mezarlıkta, sokak tarafında ve birinci sıradadır. Lahdi fesli şahidelidir. Kitabesi 10 mısradır ki şudur:

Nazırı nâdiri âh dairei fâhirenin
Ya’ni Seyyid Bekir Efendi kim ol hûbhisal
Kethüdası idi gencinenin ol zatı güzin
Medfeni pâkini nur ide Hudayı müteal
Hidmeti pâkde âdabei nigehbân olarak
İlm ü irfan ile olmuş idi rengin meâl
Yüz çevirmedi hiç ol sıdkı ubudiyetten
Asdikaya ola mümkün mü hesab ile su’al
Hemkarar oldu mücevher ile tarihi Nazif
Kabri pâki Bekir Efendi ola bâğı cemal

Büyük kızı Emetullah Hanım’ı Yasincizade İlmî Molla Efendi ile evlendirmiştir. Merzifon’da, Erzurum’da, Hasankale’de birer cami mektep ve İstanbul’da Balat’ta bir çeşme yaptırmıştır. Fakat bu çeşme bugün mevcut değildir.

Ebubekir Efendi 11821228 (17681813) yılları arasında geçen olayları kısa fakat o nispette değerli bir şekilde kaleme almıştır. Kitabına verdiği isim Vak’ai Cedide’dir. Bu eser 1332’de (1916) 42 sayfa olarak İstanbul’da basılmıştır.

Ebubekir Efendi’nin ifadesine göre Fransa, Osmanlı Devleti’nin iç işlerine müdahale ediyordu. III. Selim’in halli, IV. Mustafa’nın tahta çıkarılışı üzerine “Fransa elçisi İstanbul’dan kaçmış ve yolda Rusçuk’a uğrayarak Alemdar Mustafa Paşa ile görüşmüştür. Elçi yalan ve dedikodu ile Paşa’yı kandırıp hadiselerin başlıca sebebi olmuştur.” ifadesi hiçbir tarihte görülmeyen bir kayıttır.

Ebubekir Efendi’nin bu ifadelerinden onun IV. Mustafa taraftarı olduğu anlaşılıyor. Ona göre, lüzumsuz işlere teşebbüs eden III. Selim tahttan indirilmiş, yerine IV. Mustafa çıkarılarak her şey düzelmiştir.