Mısırlı Hıdiv İbrahim Paşa’nın oğludur. 1245’de (1829) Kahire’de dünyaya geldi. Büyük babası Mehmed Ali Paşa sayesinde iyi bir eğitim aldı. 1846’da 17 yaşının içinde iken İstanbul’a geldi. Kendisine saniye rütbesi verilerek, mektubîi sadrı âli kalemine kaydedildi. Bir müddet sonra Mısır’a gitti. 1267 Zilhiccesinde (Ekim 1851) Mısır Valisi Said Paşa’nın vefatından sonra İstanbul’da oturmak istedi ve halası Zeynep Hanım ve eniştesi Yusuf Kâmil Paşa’nın delâletiyle İstanbul’a döndü. Sultan Abdülaziz’in yakınlığını kazanarak ulâ evveli rütbesi ile Meclisi Vâlâ azalığına tayin edildi. Şaban 1274’de (Mart 1858) vezirlik ihsan buyruldu.

Rebiyülahir 1275’de (Kasım 1858) Meclisi Tanzimat azası olup Muharrem 1278’de (Temmuz 1861) tekrar Meclisi Vâlâ azalığına getirildi. Cemaziyelevvel 1278’de (Kasım 1861) Maarif nazırı, yine o sene Recebinde (Ocak 1862) Nevres Paşa ile becayiş edilmek suretiyle Maliye nazırlığına tayin edildi. Burada gösterdiği başarı üzerine kendisine 1280 Şabanında (Ocak 1864) padişah tarafından pırlantalı bir enfiye kutusu ihsan olundu.

1280 Şevvalinde (Mart 1864) bu nezaretten istifa etmekle Mecalisi Âliye’ye memur oldu. 15 Cemaziyelahir 1282’de (4 Kasım 1865) yeniden kurulan Meclisi Hazain riyasetine tayin olundu. Bazı sebeplerden dolayı bu görevde başarılı olamadığı söylenmektedir.

Yine aynı sene Şevvalinde (Şubat 1866) bu vazifeden azledildiği gibi Osmanlı topraklarından padişah iradesiyle çıkarılarak Avrupa’ya sürülmüştür. Bu sürgün olayı, Eyüpsultan’da Bahariye sahilindeki yalısında vuku bulmuştur.

Osmanlı topraklarından çıkarılan Mustafa Fazıl Paşa’nın 21 Cemaziyelevvel 1284 (20 Eylül 1867) tarihinde İstanbul’a dönmesine izin verildi. Mustafa Fazıl Paşa Fransa’da bulunduğu sırada Sultan

Aziz Avrupa seyahatine çıkmıştı. Paşa kendi resminin işlendiği bir goblen halısı yaptırarak hünkârın oturacağı yerin önüne yaydırmıştı. Bunu gören padişah resme ayak basmaz ve üzüntü duyarak Paşa’nın İstanbul’a dönmesine izin verir. 15 Rebiyülahir 1286’de (25 Temmuz 1869) ikinci defa Mecalisi Âliye’ye memur oldu.

1287 Muharreminde (Nisan 1870) ikinci defa Maliye nazırı oldu. Fakat çok kısa bir zaman sonra 24 Ramazanın 1287’de (18 Aralık 1870) azledildi. 1288 Recebinde (Nisan 1871) Adliye Nazırı oldu.

1288 Zilkadesinde (Ocak 1872) azledildi. Fazıl Paşa uzun müddet açıkta kaldıktan sonra 4 Zilkade 1292 (3 Aralık 1875) Cuma günü Beyazıt’taki konağında 46 yaşında vefat etti. Kabri, Mihrişah Valide Sultan İmareti avlusundaki özel hazirede iken, 54 yıl sonra 1929 tarihinde, bakiyesi buradan alınarak Kahire’ye götürüldü.

Paşa’nın yalısı Kandilli’de vapur iskelesinin hemen sol tarafında, yazlığı ise Çamlıca’da Millet Bahçesi’nin sağ tarafında ve yol aşırı yerde idi. Kendisi kültürlü, münevver, güzel konuşan ve cömert birisiydi. Doğuştan tek gözlü olduğu için, fark olunmayacak derecede mükemmel camdan bir göz kullanırdı. Mustafa Fazıl Paşa’nın Meclisi Hazain (devlet hazinesi) reisliğine tayini sırasında gönderilen hattı hümayun âdet olduğu üzere Sirkeci’de vezir iskelesinden Babıali’ye kadar alay ile gelmiş, fakat Fazıl Mustafa Paşa âdet dışı olarak üniforma yerine siyah bir setre giydiği hâlde ıstablı şahaneden gönderilen ata binerek hattı hümayunu takip etmiştir. Üniformasız ata binmek âdet olmadığından İstanbul halkı bu durumu şaşkınlık içinde seyretmiştir.

Yeni Osmanlılar Cemiyeti’nin reisi olan paşa, Paris’te bulunduğu müddetçe Ziya Paşa, Namık Kemal, Agâh Efendi ve Ali Suavi Efendi ile diğer bazı azalara aylık bağlayarak geçimlerini temin etmiştir.

Mustafa Fazıl Paşa cömertliği ile tanınmış bir zattı. Hatta halkın sevgisini de bu vasfından dolayı kazanmıştır. Maliye nazırı olduğu zaman maaşı olan 60 bin kuruşu, maliyenin sıkıntısından dolayı hazineye terk etmiştir. Yine bu nezarete atandığı senenin Ramazanında nezarette çalışan kavas, odacı ve diğer hademelerine 100 bin kuruş ramazaniyye vermiş ve hazine memurlarına sahip çıkmak gibi hareketlerle mümtaz bir mevki kazanmıştır.

Hatta o tarihte Anadolu ve Rumeli’ye kol kol müfettişler gönderildiği sırada Bosna tarafına mabeyn kâtipliğinden yetişme, Meclisi Vâlâ azasından Ziya Bey (Şair Ziya Paşa) gidip hükûmet dairesindeki mal sandığını mühürledikten sonra görülen muhasebede, sandığın 3 bin lira açığı çıkmakla vilâyet defterdarı Naşid Efendi’ye (Vali Hacı Naşid Paşa) işten el çektirmiş ve azlini de yazmış ise de Mustafa Fazıl Paşa defterdarı himaye ederek kendi azline razı olmuştur. Yine bu dönemde, etrafına topladığı maliyeden anlayan insanlara Osmanlı Devleti’nde ilk defa bir bütçe yaptırdı. Fakat ne yazık ki padişahı korkutmamak için gelir fazlası gösterdi.

Nezareti zamanındaki mühim malî meselelerden biri de Osmanlı Bankası’nın kurulmasıdır. 10 sene evvel İngiliz sermayesiyle kurulmuş olan “Bank Ottoman” bu defa Fransız sermayesinin iştirakiyle genişletilerek meydana getirilmiştir. Yine onun devrinde ve 1865 tarihinde Galata bankerlerine olan hazine borcunun ödenmesi için istikraza gidilmiş yani dış borç alınmıştır.

Mısır’da veraset usulünun değiştirilmesi üzerine, Mısır hıdivliğine geçme ümidi kalmayan Paşa Mısır’daki emlâkine karşılık Mısır hazinesinden 5 milyon lira almış, fakat bu parayı on sene zarfında tüketmiştir. Vefatına yakın pek çok sıkıntı çekip, hatta bir altın leğen ve ibriği bir bankere 10 bin altına ve mücevherli bir enfiye kutusunu büyük bir para karşılığında rehin ederek evini idareye çalışmıştır.

Maarif nazırı olduğu zaman Naima Tarihi’ni bastırmış ve tarihe karşı büyük bir hizmet ifa etmiştir. Mustafa Fazıl Paşa, ilim irfan sahiplerine birçok para yardımında bulunduğu gibi, dairesine alarak uzun uzun kendilerini himaye etmiştir. Meşhur musiki üstadı Zekai Dede Efendi hakkındaki muamelesi de bu cümledendir.